Le Choc des civilisations
En 1511, une flotte en provenance de Goa, et guidée par le conquistador portugais Albuquerque, envahit et pille le port de Malacca. Le sultan en place se réfugie à Johor pour fonder l'un des premiers sultanats de Malaisie, mais il ne réussira jamais à reconquérir Malacca. Désormais, la fin du leadership du royaume de Malacca, et l'invasion portugaise vont entrainer l'apparition d'une multitude de sultanats musulmans. L'autre conséquence est que dorénavant le commerce musulman s'installe dans ces nouveaux États, ce qui entrainera des rivalités économiques et dynastiques.
Les portugais resteront jusqu'en 1641, mais le bilan de leur colonisation sera négatif, en effet, ils n'ont pas réussi à s'accommoder avec la population et le prestige commercial de Malacca s'est effondré. Les tensions avec les sultanats voisins s'accentuent, notamment avec celui de Johor, qui les repoussera de la Malaisie en pactisant avec les Hollandais, qui débarquent en 1641 à Malacca. En effet, l'attrait des Occidentaux pour la Malaisie s'amplifie avec le temps, en effet elle ne représente plus qu'un point stratégique sur la route du commerce, elle est aussi une source de ressources naturelles importante (étain, épices...).
Le Royaume-Uni garde ainsi un oeil avisé sur la Malaisie, d'autant plus qu'ils souhaitent s'implanter près des détroits stratégiques. Et en 1795, ils profitent des guerres napoléoniennes, et notamment de la défaite de la flotte française et des armées hollandaises pour s'installer définitivement en Malaise et à Malacca (traité de Londres de 1824, donnant officiellement la Malaisie aux Pays-Bas). Leur implantation est progressive, ils occupent Singapour et les détroits dans un premier temps, et envahissent par la suite les sultanats malaisiens, pour finalement mettre en place un protectorat en 1874. Le règne anglais se caractérise par une grande importation de main d'oeuvre, notamment Chinoise qui explique aujourd'hui l'hétérogénéité de la population. Cette main d'oeuvre était employée à travailler dans les ressources mines d'étain et à ramasser le caoutchouc, et faisait la fortune des colons. Ainsi en 1921, en comptaient 1 627 000 Malais pour 1 173 000 Chinois et 471 000 Indiens. Néanmoins, l'exploitation intensive des ressources naturelles va se traduire par une dépendance forte vis-avis de celle, ce qui entrainera une crise économique très forte en 1930, notamment avec la chute du prix des matières premières.
En 1942, un autre fléau frappe la Malaisie, en effet, la Seconde Guerre mondiale bouleverse la situation du pays, en incapacité de se défendre depuis le retrait britannique. Faute de navires en nombre suffisant, les Anglais ne purent défendre leur grande base navale qu'ils avaient aménagée à Singapour, et la péninsule fut conquise en moins de deux mois par les armées nippones (Singapour capitule le 8 février 1942). Les vainqueurs cherchèrent à s'amadouer la population malaise et indienne, mais plus méfiante avec les Chinois, qui se retirèrent dans les forêts et organisèrent avec l'appui des Alliés les premiers réseaux de résistance.
Alfonso Alburquerque durant le siège de Malaca en 1511
Le traité de Londres en 1824